肠道激惹综合征是由肠道功能失调和全身表现构成的一系列临床综合征，临床表现比较复杂，但没有特异性，缺乏可靠的检查诊断指标，因此，在没有充分排除肠道器质性疾病之前诊断比较困难，应该十分慎重，切忌草率武断。要详尽地听取和分析病人对疾病的诉述，仔细地进行体格检查，根据病情，选做粪便化验、肠道x射线、内窥镜等检查，在确实排除了肠道各种器质性疾病之后，方可考虑有肠道激惹综合征的可能性。在拟诊本病之后，还应密切随访、复查，经过一段时间的观察后才能肯定诊断。

在诊断本病的过程中应注意与以下器质性疾病鉴别，如溃疡性结肠炎、节段性回肠炎、肠道肿瘤、肠道息肉症、肠道憩室、小肠吸收不良综合征、胆道及胰腺疾病、慢性铅中毒等。